Des cerveaux de souris en haute définition

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Le consortium Mouse Biomedical Informatics Research Network (MBIRN) vient d’ouvrir un service de consultation sur Internet des résultats de ses travaux en matière d’imagerie médicale. Les données sont accessibles grâce à l’outil Mouse BIRN Atlasing Toolkit (MBAT) en version 1.1.5 beta téléchargeable sur le Wiki du groupe de recherche. Le consortium a mis à disposition plus de 1,2 Go d’images de cerveau de souris en 3D à l’échelle cellulaire d’une résolution inégalée (entre 21.5micro-m et 43micro-m), images obtenues par des techniques de résonance magnétique à haute définition. L’outil MBAT permet de visualiser ces résultats et de consulter les bases de données GeneNetwork et BIRN Microarray afin de mettre en rapport les images du MBIRN avec des informations relatives à l’expression des gènes de souris.

Le consortium MBIRN, financé par le National Center for Research Resources des National Institutes for Health, est composé de 6 universités américaines : Duke University, the California Institute of Technology, the University of Tennessee à Memphis, the University of California à Los Angeles, Drexel College of Medicine et the University of California à San Diego. Le but de ce consortium est de créer une base de connaissances à grande échelle sur les recherches en neurosciences liées à l’étude des souris. Les modèles qui en émergent doivent ensuite aider à comprendre des pathologies humaines. Le BIRN lui-même est une cyberinfrastructure qui met à disposition des chercheurs à la fois des moyens de calcul puissants, des logiciels partagés et des mécanismes dédiés de transfert de données et de gestion des flux de calcul (voir la référence "A Web Portal…"). Ces sites sont rassemblés dans un réseau de recherche à très haut débit.

En combinant deux acquisitions avec des niveaux de contrastes différents, un algorithme mis au point par ces chercheurs est capable de distinguer 33 structures anatomiques du cerveau qui peuvent ensuite être mises en valeur et explorées en 3D individuellement. Les données collectées sur les différents sites sont quant à elles conservées localement tout en étant intégrées au stockage réseau Storage Resource Broker (système de stockage distribué hétérogène).

Le protocole de numérisation en 3D employée sera publié le 1er Août 2007 dans la revue scientifique NeuroImage.

Source :


- ’Virtual’ Mouse Brains Now Available Online, 9 Juillet 2007
http://www.dukenews.duke.edu/2007/07/mousebrain.html
- Wiki du Mouse BIRN
http://www.loni.ucla.edu/twiki/bin/view/MouseBIRN/WebHome
- A Web Portal that Enables Collaborative Use of Advanced Medical Image Processing and Informatics Tools through the Biomedical Informatics Research Network (BIRN), S.N. Murphy, M.E. Mendis, J.S. Grethe, R.L. Gollub, D. Kennedy, B.R. Rosen, AMIA Annu Symp Proc. 2006 ; 579-583
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1839506

Pour en savoir plus, contacts :


- Mouse BIRN
http://www.nbirn.net/research/testbeds/mouse/index.shtm
- Biomedical Informatics Research Network
http://www.nbirn.net
- Téléchargement du logiciel MBAT
http://nbirn.net/downloads/mbat/index.shtm
- High-throughput morphologic phenotyping of the mouse brain with magnetic resonance histology, Duke University, 2007
http://www.civm.duhs.duke.edu/pubs/supplemental/NeuroImage200702/index.html
- Vidéo de présentation du cerveau d’une souris en 3D, Duke University
http://www.duke.edu/today/archive/oncamera.php?id=10241
- Site Internet de GeneNetwork
http://www.genenetwork.org/
- Page du SRB
http://www.sdsc.edu/srb/index.php/Main_Page
- IBM va créer un modèle de la colonne néocorticale, BE Etats-Unis n°9, 11 Novembre 2005
http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/30571.htm
- National Center for Research Resources
http://www.ncrr.nih.gov/
Code brève
ADIT : 43611

Rédacteur :

Vincent Reboul deputy-stic.mst@ambafrance-us.org

Voir en ligne : http://www.bulletins-electroniques….