Les États-Unis lancent un nouveau plan inter-agences pour la recherche sur le microbiome

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La notion de microbiome recouvre l’ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, virus…) qui vivent dans un environnement donné. Cela concerne ainsi bien sûr le corps humain, mais aussi les plantes, le sol et l’atmosphère, les océans etc. Grâce aux progrès technologiques de la « métagénomique » qui a permis le séquençage et l’analyse des génomes du microbiome, la recherche dans ce domaine s’est récemment considérablement développée, avec des implications économiques importantes tout particulièrement en santé humaine, agriculture, production d’aliments, et dans le domaine de l’environnement. Le microbiome peut aussi être utilisé comme un outil pour produire des médicaments ou des biofuels par exemple [1].

L’administration Obama avait lancé des efforts d’envergure particulièrement avec la National Microbiome Initiative en 2016, qui mettait initialement à disposition 121 millions de dollars fléchés de fonds fédéraux, sans compter les autres sources associées. En parallèle, le « Fast-Track Action Committee on Mapping the Microbiome (FTAC-MM) », formé en février 2015, avait été chargé d’analyser la recherche sur le microbiome financée sur fonds fédéraux afin d’émettre des recommandations pour les investissements futurs. Le FTAC-MM a rendu son rapport en novembre 2015. Ce rapport, qui analysait les dépenses au cours des années fiscales de 2012 à 2014, a mis en évidence des financements fédéraux dépassant les 900 millions de dollars, dont la moitié pour l’année fiscale 2014. Il a conduit à plusieurs recommandations, particulièrement de créer des collaborations entre agences de financement.
L’étape suivante a été, sous l’autorité du « National Science and Technology Council (NSTC) », la création en février 2016 du « Microbiome Interagency Working Group » (MIWG), chargé de développer une stratégie fédérale pour la recherche sur le microbiome. Le MIWG vient de publier son plan stratégique, « Interagency Strategic Plan for Microbiome Research » pour les années fiscales 2018-2022.

Le MIWG a identifié 21 agences fédérales impliquées dans le financement de la recherche sur le microbiome. Cela inclut bien sur les « National Institutes of Health » (NIH) dont le rapport du FTAC-MM avait montré qu’ils contribuaient à 59% des investissements dans la recherche sur le microbiome, la « National Science Foundation » (NSF), le « United States Department of Agriculture » (USDA), la « National Oceanic and Atmospheric Administration » (NOAA), mais aussi le « Department of Defense », la NASA etc (figure). Le document publié constitue une intéressante synthèse de l’état de l’art dans le domaine, et décrit en annexe les champs d’intervention de chacune de ces agences dans la recherche sur le microbiome.

Le plan proposé comporte 3 grands volets :

  1. Soutien à la recherche inter-disciplinaire.
  2. Développement de technologies. Parmi les points majeurs ici figurent le développement de méthodes de standardisation (avec l’aide du National Institute of Standards and Technology [NIST]), et l’accès public aux données et aux ressources.
  3. Augmentation de la masse critique de chercheurs

Le Plan n’implique a priori pas de financement supplémentaire mais définit des priorités stratégiques dans le domaine de la Santé Humaine, de la production alimentaire, de l’énergie, et des écosystèmes. De façon intéressante, il prévoit une dimension internationale - partage de données, collaborations internationales -, et des interactions avec le secteur privé.

Ce plan, qui doit faire l’objet d’une évaluation et d’une révision appropriée après 5 ans, témoigne de l’attention importante que les États-Unis, comme la plupart des pays industrialisés, portent à la recherche sur le microbiome, et du souci d’optimiser l’utilisation des ressources considérables qui lui sont dédiées.


Rédacteur :
Jean Rosenbaum, Attaché pour la Science et la Technologie, Consulat Général de France à Los Angeles attache-sdv.la@ambascience-usa.org