Vers des normes pour les mesures d’expression de gènes par microarrays

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Les recherches réalisées sous l’égide du programme Critical Path par le consortium MicroArray Quality Control (MAQC) vont permettre aux entreprises d’ajouter plus aisément aux dossiers qu’elles soumettent à la FDA (Food and Drug Administration), les données issues de tests par microarrays.
Même si les microarrays sont devenues des outils très largement utilisés par les entreprises pharmaceutiques pour les tests de pharmaco-génomique et de toxico-génomique, la FDA manque de normes et de mesures de qualité pour pouvoir se référer aisément à ce type de données dans ses évaluations.
Le consortium MAQC a montré la reproductibilité de mesures d’expression de gènes réalisées sur 6 plateformes différentes commercialisées par Applied Biosystems (Foster City, Californie), Affymetrix (Santa Clara, Californie), Agilent Technologies(Palo Alto Californie), Eppendorf (Hambourg, Allemagne), GE Healthcare, Fairfield, Connecticut) et Illumina (San Diego, Californie), une microarray construite sur mesure avec les oligonucléotides de l’entreprise Operon Biotechnologies (Huntsville, Alabama) et 3 plate-formes d’expression de gènes n’utilisant pas de microarray. Ces données permettent aujourd’hui de mettre en place des normes et mesures de qualité auxquels les entreprises pourront se référer, simplifiant ainsi les dossiers de soumission.
L’étude montre de façon intéressante que des plateformes utilisant des approches différentes pour mesurer l’expression des gènes -par exemple utilisant des sondes courtes ou longues d’oligonucléotides- génèrent souvent des résultats comparables.
Deux autres initiatives travaillent actuellement à la création de références pour les données d’expression issues de microarrays : le groupe du Center for Drug and Evaluation Research qui utilise un échantillon d’ARN issu de deux tissus dont l’expression de gènes spécifiques est connue et le ERCC External RNA Controls Consortium, qui teste des transcrits polyadénylés ajoutés à un échantillon d’ARN pour évaluer des performances techniques.
La FDA compte publier ses recommandations en décembre 2007.

Source :

BioCentrury, 11/09/2006
http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/313/5793/1559a

Pour en savoir plus, contacts :


- http://www.fda.gov/nctr/science/centers/toxicoinformatics/maqc/
- http://edkb.fda.gov/MAQC/MainStudy/upload/Summary_MAQC_DataSets.pdf
- http://www.nature.com/nbt/focus/maqc/index.html
Code brève
ADIT : 39312

Rédacteur :

Peggy Rematier, deputy-sdv.mst@consulfrance-sanfrancisco.org

Voir en ligne : http://www.bulletins-electroniques….